Entre o ano 2001-2005 a organización da actividade investigadora recaeu nun Consello Científico conformado por 11 investigadores, seleccionados en función da súa actividade científico-técnica pola Vicerreitoria de Investigación da Universidade de Santiago.

No ano 2005 aproveitando a restructuración dos grupos de investigación promovida pola Universidade de Santiago, expúxose no Consello Científico modificar a organización da actividade de IDE+i, coa adscrición ao IBADER de 5 grupos de investigación do Campus de Lugo (GI-1248, GI-1648, GI-1649, GI-1729, GI-1934), cuxas liñas de actuación resulta congruentes coas do propio IBADER. Permanecendo 3 investigadores adscritos a título individual. A nova organización ratificada polo Consello de Goberno do IBADER resulto moito máis efectiva que a anterior, redundando nunha maior captación de actividades competitivas de IDE+i, así como no número de accións de docencia, servizos e divulgación. Esta organización viuse reforzada no ano 2014 coa adscrición ao IBADER dun novo grupo de investigación o GI-2016 Creación de valor sustentable nas organizacións.

O Instituto alberga na actualidade máis de 78 investigadores da Universidade de Santiago de Compostela, cun cociente adecuado entre o persoal docente-investigador de persoal (2 Catedráticos de Universidade, 16 Titulares de Universidade, 1 Titular de Escola Universitaria), o persoal investigador e o persoal de apoio (máis de 25 persoas).