No ano 1998 o Reitor da Universidade de Santiago, Dr. Dario Villanueva Prieto, o Presidente da Deputación de Lugo, D. Francisco Cacharro Pardo e o Vicerreitor de Coordinación do Campus de Lugo, Dr. Francisco Maseda Eimil, expoñen a necesidade de establecer no Campus de Lugo un instituto universitario de investigación vinculado coa temáticas de medio ambiente e desenvolvemento rural.
 
Meses máis tarde, esta idea materialízase coa firma (28/01/1999)  dun Convenio de Colaboración entre a Universidade de Santiago, a Xunta de Galicia (Consellería de Agricultura, Gandería e Política Agroalimentaria, Consellería de Medio Ambiente) e a Deputación Provincial de Lugo (INLUDES) que recolle a necesidade de crear en Lugo un instituto universitario de “Biodiversidade Agraria e Desenvolvemento Rural”, establecendo os seus fins, obxectivos e estrutura.
 
Para a posta en marcha desta iniciativa configúrase un “Grupo Promotor”, constituído inicialmente por 22 investigadores do Campus de Lugo, distribuídos en 8 áreas científico-técnicas. O Grupo Promotor elabora e apoia a memoria científico-técnica para a creación do “Instituto Universitario de carácter Mixto sobre Biodiversidade Agraria e Desenvolvemento Rural” que será  avaliada polo Consello de Universidades (Ministerio de Educación, Cultura e Deporte). O 1/12/2000, a Universidade de Santiago recibe a avaliación positiva por parte do Consello de Universidades do Estado.
 
Tras este requisito. a proposta será posteriormente aprobada polo Consello de Goberno e o Consello Social da Universidade de Santiago, así como informada positivamente polo Consello Universitario de Galicia. Finalmente será valorada polo Consello da Xunta de Galicia, na súa reunión de 22/03/2001, a partir da cal se dita o Decreto 72/2001, do 22 de marzo, da Xunta de Galicia (DOG nº 70 de 9/04/2001) polo que se crea o Instituto Universitario de Biodiversidade Agraria e Desenvolvemento Rural (IBADER).
 
O Decreto 72/2001, estable o IBADER como un “Instituto Universitario Mixto”,  constituído pola Universidade de Santiago, a Consellería de Agricultura, Gandería e Política Agroalimentaria, a Consellería de Medio Ambiente e o Instituto Lucense de Desenvolvemento Económico e Social (INLUDES).
 
Establecendo como como obxectivos fundamentais: estudar e implantar novas posibilidades da planificación e desenvolvemento rural na Comunidade Autónoma de Galicia, mediante a investigación en biodiversidade e a introdución de bosque, cultivos e gandería das zonas tépedas e subtropicais en Galicia; propiciar a apertura de novos mercados de traballo para os alumnos das titulacións agrarias, e programas de intercambio de alumnos e profesores, especialmente nos países hispanoamericanos; colaborar con outros centros semellantes, europeos e hispanoamericanos, para a formación de técnicos especializados, a través do desenvolvemento de programas de 3º ciclo; e ser un foro permanente de encontro, exposición e debate de todas as actividades de interese a favor do campo galego.
 
O Decreto 72/2001, indica ademais que para o desenvolvemento das súas actividades, así como para a adscrición do seu persoal, este instituto rexerase pola Lei orgánica 11/1983, de reforma universitaria, pola Lei 11/1989, do 20 de xullo, de ordenación do sistema universitario de Galicia, polos estatutos da Universidade de Santiago de Compostela, o convenio de creación e polo seu Regulamento de réxime interior, que deberá axustarse ao establecido para este tipo de centros.
 
Tras a publicación do Decreto 72/2001 (DOG nº 70, 9/04/2001), o Reitor da Universidade de Santiago nomea o 22/05/2001, unha “Comisión Xestora" do IBADER, integrada polo Vicerreitor de Investigación da USC, o Vicerreitor de Coordinación do Campus de Lugo e 5 investigadores integrantes do Grupo Promotor, co labor de constituír o Consello Científico do IBADER.
 
O 16/04/2001 formalízase definitivamente a configuración do Consello Científico tras a elección dos seus membros polos integrantes do Grupo Promotor. O Consello Científico queda constituído, de acordo co Regulamento, en sete áreas científico-técnicas, que integran a 13 investigadores.

O primeiro Director do IBADER, foi o profesor Dr. Franciso Maseda Eimil (16/06/2002 a 6/03/2003) sendo a Secretaria académica a profesora Dra. Mª Luísa Fernández Marcos. A configuración do Consello Científico queda establecida no ano 2002 por 10 investigadores: Carlos José Alvarez López, José Manuel Barreiro Rivas, Elvira Díaz Vizcaino, María Luisa Fernández Marcos, María Elviral López Mosquera, Francisco Maseda Eimil, Agustín Merino García, Pablo Ramil Rego, Antonio Rigueiro Rodríguez, Luciano Sánchez García, distribuídos en 6 áreas de coñecemento.
 
Tralo cese do profesor Maseda, foi nomeado Director accidental o profesor Dr. Antonio Rigueiro Rodríguez (7/03/2003 3/10/2003), que exerceu dito cargo ata a designación e toma de posesión como Director do profesor Dr. Pablo Ramil Rego (4/10/2003 a 23/06/2010) sendo a Secretaria académica a profesora Dra. María Elvira López Mosquera. O Consello Científico mantén a súa configuración de 10 investigadores distribuídos en 6 áreas científicas. Neste período, e de acordo coa normativa dá Universidade adscríbense ao IBADER cinco grupos de investigación. 
 
En xuño de 2010 o profesor Dr. Pablo Ramil Rego renuncia ao cargo para asumir a Vicerrectoría de Investigación e Innovación do Campus de Lugo. O Reitorado nomea como Director accidental ao profesor Dr. Antonio Rigueiro Rodríguez (3/08/2010 a 23/06/2011). Trala convocatoria dun novo proceso electoral é finalmente nomeada como Directora do IBADER a profesora Dra. María Elvira López Mosquera, sendo Secretario o profesor Dr. Antonio Iglesias Becerra. Nesta etapa o Consello Científico cubre a baixaa de varios investigadores, mantendo a súa configuración de 11 investigadores distribuídos en 6 áreas científicas. Trala incorporación dun novo grupo de investigación, son seis os grupos adscritos ao IBADER.
 
Finalizado o mandato da Dra. Elvira López Mosquera e tras unha nova convocatoria electoral é designado como Director do IBADER o profesor Dr. Pablo Ramil Rego (21/11/2015), continuando como Secretario académico o profesor Dr. Antonio Iglesias Becerra. 

A entrada en vigor no ano 2019 do novo Regulamento do IBADER marcou unha nova etapa na configuración do persoal científico do centro. Estableceuse un proceso de rexistro que inclúe a avaliación individual dos candidatos por parte do Comité Asesor Externo, con períodos de avaliación periódicos das actividades científicas e técnicas realizadas por cada investigador no IBADER. Como resultado da aplicación da nova normativa, a principios do 2026, o persoal científico do IBADER estaba conformado por 66 persoas distribuidas entre Persoal Investigador Vinculado (45), Persoal Investigador Non Permanente (17) e Persoal Investigador en Formación (4).