O Consello de Goberno, é ou máximo órgano do Instituto, está presidido polo Reitor dá Universidade de Santiago, e composto polo Vicerreitor/a de Investigación da Universidade de Santiago, dous representantes da Deputación de Lugo, dous representantes da Consellería dá Xunta de Galicia con competencia no Medio Ambiente e dous representantes da Consellería con competencias no medio Rural. Un representante do Consello de Goberno da USC. Catro profesores designados polo Consello de de Goberno da USC a proposta do Consello Científico, xunto co Director/a e ou Secretario/a Académico do Instituto. O Consello de Goberno establece as liñas estratéxicas e programáticas do Instituto, así como as directrices e procedementos para a súa aplicación.
Configuración da Xunta de Goberno (01/01/2025)
1.- Representantes da Universidade de Santiago
Don Antonio López Díaz (Presidente da Xunta de Goberno).
Reitor da Universidade de Santiago
Dona Pilar Bermejo Barrera
Vicerreitora de Política Científica. USC
2.- Representantes da Consellería de Medio Ambiente (Xunta de Galicia)
Dona Angeles Vázquez Mejuto
Conselleira de Medio Ambiente. Xunta de Galicia
Dona Marisol Díaz Mouteira
Directora Xeral de Patrimonio Natural
3.- Representantes da Consellería do Medio Rural (Xunta de Galicia)
Dona María Xosé Gómez Rodríguez
Conselleiro de Medio Rural
Dona María Paz Rodríguez Ribera
Directora Xeral de Medio Rural e Directora de AGADER
4.- Representantes da Deputación de Lugo
Don Miguel Fernández Méndez
Don Daniel García Fernández
5.- Representante do Consello de Goberno da USC
Don Tomás Cuesta García
Universidade de Santiago
6.- Representantes do Consello Científico do IBADER
Dona Rafaela María Amaro González
Don David Miranda Barrós
Don Juan Ramon Piñeiro Chousa
Don Antonio Rigueiro Rodriguez
7.- Director do IBADER
Don Pablo Ramil Rego
8.- Secretario do IBADER
Don Antonio Iglesias Becerra
Regulamento do IBADER (Enlace)